为配合本系的教育目标，本系大学部之课程规划包括共同必修科目、通識科目、基础必修科目、核心必修科目、核心选修科目等课程。本系每一课程之授课教师依其授课内容，均有其所配合达成之核心能力目标，以使学生在修毕课程后，能培养出本系希望学生修毕课程后，可具备之核心能力。本系开授之大学部课程共有66门课，具备第一项核心能力指标「具有经济、统计、会计、管理与农学之基本知識」有34门课；具备第二项核心能力指标「具有农业经济之专业知識」有32门课；具备第三项核心能力指标「具备报告撰写及简报之能力」有27门课；具备第四项核心能力指标「具有良好之沟通与团队合作能力」有20门课；具备第五项核心能力指标「广泛的知識：了解农业经济与全球变迁、经济发展、糧食生产、食品安全与健康及资源利用与保育之关系」有24门课；具备第六项核心能力指标「尊重学术倫理、智慧财产权与持续学习之能力」则有22门课。

本所开授之硕士班课程共有40门课，具备第一项核心能力指标具备熟識及活用农业经济专业知識之能力」有32门课；具备第二项核心能力指标「具有创新思考、独立研究与解决问题之能力」有30门课；具备第三项核心能力指标「协助策划及执行研究计画，并具备撰写完整报告及专业简报之能力」有27门课；具备第四项核心能力指标「具有良好之沟通与跨領域团队合作能力」有12门课；具备第五项核心能力指标「具备論文阅讀与文献检索汇整之能力」有24门课；具备第六项核心能力指标「尊重学术倫理、智慧财产权与持续学习之能力」则有18门课。

本系博士班课程设计共有30门课，具备第一项核心能力指标「具备熟識及活用农业经济专业知識之能力」有28门课；具备第二项核心能力指标「具有创新思考、独立研究与解决问题之能力」有28门课；具备第三项核心能力指标「策划及执行研究计画，并具备撰写完整报告及专业简报之能力」有24门课；具备第四项核心能力指标「具撰写英文研究論文、參与国际学术活动及交流之能力」有26门课；具备第五项核心能力指标「具有良好之沟通、跨領域团队合作及領导与管理之能力」有13门课；具备第六项核心能力指标「尊重学术倫理、智慧财产权与持续学习之能力」则有19门课。

而在就业表现方面，本系毕业生在政界及工商业服务一直有出色表现，在农业行政方面，培育诸多政府官员及中央、地方机关公务人员；在教育研究及学术界方面，亦有众多系友持续在农业经济相关领域上担任研究员、教师及专家学者；而在民间企业部分，不论是创业或受雇者在各领域中均有优异表现。

本系毕业生从就业产业分布上来看，较集中于财务与金融业、学术研究教育及政府行政部门等几个特定的产业别。由此可知在多元发展的同时，本系在财务、金融、农业行政与政策之教育方向中，是与毕业生较为直接相关之就业领域。故以本系课程之多元与广度而言，毕业生就业与其在校所学专业之关联程度相当高。而农业经济硕士在职专班的成立，更吸引全台许多目前从事与农业领域相关之精英人才在职进修，将学校所学专业知识和职场之实务经验互相应用，并借此互通产业界与学术界之资讯。可见本系不论在课程安排及专业能力培养上，都有良好设计与规划，使本系毕业生于投入职场各行各业均能学以致用，对国家社会有相当之贡献。